El sitio es público simplemente debes indicar las páginas o módulos que deseas que sean privados. Al configurar un sitio con el Registro Privado el usuario recibe un email confirmando dicho registro y el administrador otro indicando que se ha registrado un usuario y requiere autorización. Al acceder como Admin en el sitio deberás Autorizar dicho usuario.

Para crear un apartado privado simplementes debes "jugar" con los Permisos de cada página y/o módulo, es decir, en el caso de clientes que bajen archivos puedes utilizar varias formas: Generar una serie de páginas para cada cliente (puedes crear una e ir clonando), una sola página de descargas y un módulo para cada cliente indicando el usuario que puede Ver dicho módulo.

En cuanto a tu última pregunta ya entraríamos en temas de desarrollo, bastante complejo.

Saludos

Resumiendo el proceso ...

Según el skin que utilices dispondrás del menú principal horizontal o vertical. Partiendo de que usas el skin por defecto, mediante el Panel de Control (parte superior) vas creando las páginas e indicando las que quieres visualizar en el menú. Comprobarás que puedes asignar una página a otra, con la opción del menú marcada te generará automáticamente un menú desplegable.

Para el menú en el panel izquierdo (PaneLeft), debes agregar un módulo (Text, Links...) e ir enlazando las páginas. Mediante el botón Servidor al crear un enlace debes seleccionar Página y en la lista desplegable se visualizarán todas las páginas que tengas creadas.

Saludos.

Puedes quitar y poner todo lo que quieras en tu portal, faltaría más!!

Respecto al módulo para inmobiliaria, échale un ojo a las demos de ambos módulos, son muy diferentes, quizás el property agent de ventrian sea el más utilizado y además es bastante más económico y ampliamente configurable el de xepient no lo conozco pero tiene muy buena pinta.