Pues normalmente suele ser bastante fácil, lo tengo instslado en varios servidores (virtyuales y físicos) sin problemas.
Asegurate de configurar IIS para autorizar el Acceso anónimo.
Luego, a mi me sale más fácil de crear directamente un sitio Web en vez de un directorio virtual.
Desde aquí, le asignas la Ip de tu servidor, el puerto 80 y los encabezados de tu Web.
Asegurate de colocar el pool de aplicación a 2.0 y de que esta web apunte correctamente al directorio de los ficheros.
En cuanto a los permisos, normalmente, si das los permisos de leer, escribir y modificar al usuario Network Service al directorio principal de tu web, asegurándote de marcar la casilla de aplicar a las sub-carpetas, debería de funcionarte.
Me imagino que eres administrador del servidor?