dándole vueltas al asunto, (soy fanático de Catalook), quizás el origen del problema venga al tratar de crear los menús anidados de las categorías, ¿has probado a capturar un producto desde una página que no incluya el módulo catmenunf?
Si se tratase de esa cuestión, sí que podrías dividir la tienda en un mismo portal, dividiendo las categorías en distintas páginas, configurando un menú en cada página para que presente un subgrupo de categorías y los respectivos módulos de dashboard, minicart, etc... luego podrás jugar con las configuraciones de cada módulo en cada página para que presente el subconjunto de productos, crear categorías que sean vínculos que apunten a la página que tenga el dashboard filtrado por categorías, etc... el Catalook da mucho juego.
Este post también puede serte de utilidad, lo he probado y sí que se mejora el rendimiento en la carga de las listas de productos, aunque todavía no puedo asegurarte que no tenga algún efecto secundario.