Eres un pillín Javier, jeje... si le subes el skin como admin casca pero como host, como va a la carpeta _default va bien, en fin, lo del directorio virtual no deja de ser un parche, pues no está implementado en el core, pero quien algo quiere algo le cuesta...

Si solo falla cuando intentas utilizar o subir un skin a nivel de portal, puedes desactivar esta posibilidad y permitir solo subir skins a nivel de host. 

Por lo que entiendo el resto de características como subir archivos y administrador de archivos funcionan bien...así que tu idea podría ser aplicable siempre y cuando el administrador del portal no pueda subir o utilizar sus propios skins sino los que instale el host...