Entonces tienes instalado catalook en una instalacion de dnn. Tienes un portal creado con la tienda virtual y lo que quieres es crear otro portal con la misma tienda virtual o con otro totalmente distinta?
En principio si la quieres distinta tienes que añadir los módulos que correspondan de la tienda virtual y copmrartiran bbdd e instalación y la diferencia la tendran en el id del portal.
Exportando e importando la plantilla te tiene que salir otra tienda con la misma configuracion porque yo lo he hecho varias veces y funciona perfectamente.
Si lo que quieres es tener los mismos productos y todo en dos tiendas ya es distinto.(si es esto pregunta y te cuento como podrías hacerlo)
Si puedes concretar más lo que quieres y lo que tienes será más facil ayudarte
Un saludo