a ver si logro aclararte algún concepto:
Modulo: librería compilada en DLL que aporta alguna funcionalidad al sitio web, por ejemplo, módulos para foro, comercio electrónico, galería, artículos, es decir, es un programita en .Net (VB, C#...) empaquetado como control de usuario, por regla general constan de archivos de interfaz (.ascx), archivos de recursos de idioma (.resx), código fuente (.vb, ...), scripts y estilos css que luego son empaquetados en un zip junto a un manifiesto xml para su distribución en sistemas DNN. Existen multitud de tutoriales en Internet de cómo construir un módulo y en las descargas de DNN existe un startert Kit que facilita la creación de éstos.
Skin: Sería el diseño propiamente dicho de la página, define cómo se mostrará el portal, sus cabeceras, menús, paneles de contenido, pié, etc. ... básicamente es un archivo con contenido HTML (aunque con extensión ascx) en el que se han definido determinados "tokens" que luego serán substituidos en tiempo de ejecución, igualmente encontrarás multitud de tutoriales en Google y algunos en castellano en este sitio.
Containers: Es otro elemento de diseño, pero ésta vez sólo define cómo se muestra el marco para el módulo que contiene, sigue la misma filosofía de desarrollo que un skin, es decir, HTML con algunos tokens especiales, así tienes que concebir el container como el diseño para el "contenedor" que alojará un módulo cualquiera. Es habitual que un sitio DNN disponga de distintos modelos de containers para conseguir diseños de página más ricos y atractivos.
Espero que tengas algo más claro, aunque no sé si logro explicarme!!!