Con ésta función en el cuerpo de tu skin puedes agregar un archivo js al head de la página, espero que te sea de utilidad...

<script type='text/javascript'>

function initLoader() { 
var script = document.createElement('script');
script.src = '<%=SKINPATH%>tuscript.js'; 
script.type = 'text/javascript';
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(script);}
initLoader();

</script>