Está muy bien indicado en los enlaces de Javier, pero voy a intentar concretarte un poco más:
Como punto de partida, copia la carpeta de skin que desees editar y le pones el nombre que te guste, si la copias en el directorio SKIN de tu portal o en el _Default luego te aparecerán en el desplegable de selección de skin.
En el archivo ascx que quieras editar para quitar o poner paneles sólo tienes que localizar las entradas similares a estas:
<!-- AQUÍ ES DONDE SE ENCUENTRA EL CONTENIDO DE LAS PÁGINAS: Los Paneles -->
<div id="TopPane" runat="server" align="center"></div>
<div id="LeftPane" runat="server" align="center"></div>
<div class="contentpane" id="ContentPane" runat="server" align="center"></div>
<div id="RightPane" runat="server" align="center"></div>
<div id="BottomPane" runat="server" align="center"></div>
y elimina o agrega todas las que necesites en la ubicación que quieras, los nombres de panel pueden ser el que tú quieras y los tags HTML que puedes usar como panel son los que pueden usarse como container de objetos, no tienen porqué ser <DIV> necesariamente... por ejemplo podría ser un
<td id="MiPanel" runat="server"></td> (éste se te mostraría en la lista de paneles como "MiPanel")
...o <span> o incluso <p> el único requisito es que no contengan contenido alguno entre sus etiquetas de apertura y cierre.
Espero que sea ésto a lo que te referías. Saludos.