te refieres a centrado vertical u horizontal???
en cualquier caso con la información que aporta poco podemos ayudarte, adjunta los archivos de skin y css que podamos echarle un ojo.
La diferencia entre los ascx y los html en la carpeta skin es que el diseñador ha podido crear el skin mediante un editor visual y guardarlo como html utilizando los tokens adecuados para los skinobjects, durante la instalación del skin, DNN se encargará de generar los respectivos ascx para cada archivo html que procese.