Efectivamente tienes que adquirir la librería .netShip y copiarla al directorio Bin, ésta librería esta disponible en http://www.dotnetecommerce.com/, pero ojo, porque si la versión que adquirís no es la misma con la que se ha compilado Catalook, debereis recompilar el Catalook con la referencia adecuada.
Una vez que instales netShip basta con seleccionar Tarifa en Tiempo Real y sistema avanzado de precios en la configuración de la tienda, aseguraros de que quedan desmarcadas todas las compañías de envío que ofrece la configuración de la tienda, crear las compañías de envío en el módulo Shipping Rates, dar un nombre a cada tarifa y asignar como fórmula "0-=10" por ejemplo, para cobrar 10 euros por envío para una determinada compañía. La fórmula sugerida quiere decir: para el intervalo 0-infinito el valor del envío es 10... podrían usarse diferentes nombres de tarifas para una misma compañía y ajustar la fórmula para el cálculo en tiempo real basado en distintos parámetros como pueden ser el total del pedido, número de artículos, peso y medidas de los artículos, etc...
De éste modo estará disponible durante el proceso de checkout la selección de compañía y tarifa basado en las compañías y tarifas definidas.
Deciros que no he tenido ocasión de probarlo en vivo, pues no dispongo de esta librería, pero en teoría estos son los pasos a seguir.