Hola
Has de instalar el módulo IWEB en el portal DotNetNuke que va a ofrecer los servicios web. lo agregas a una página solo visible para administradores y ya está. Al instalar el módulo también te agrega un montón de servicios web por defecto. Tu también puedes agregar los tuyos, en la carpeta APP_CODE de tu DotNetNuke encontrarás una carpeta IWEB y otra dentro IWEBMETHODS que es donde has de poner la definición de tus servicios.
El propio módulo IWEB incluye dos programitas para que veas como conectarte a los servicios web que definas en tu portal. Concreta más tu problema, ¿a la hora de conectarte al servicio web? ¿Cuando lo defines?