A ver si logramos solucionarlo:
Paso 1: Creamos portal padre con nombre www.nuevodominio.com, si todo va bien el nuevo portal debe crearse con el alias www.nuevodominio.com, así, en el supuesto de que sólo tengamos el portal 0 y el nuevo portal padre, la tabla PortalAlias contendría los registros:1; 0; dominioportaldefault y 1;1; www.nuevodominio.com...
Paso 2: Nos aseguramos que los DNS apuntan al servidor y que en el IIS, en la configuración del sitio web se ha añadido el encabezado de host www.nuevodominio.com, este paso en un alojamiento de tipo compartido se realizará desde el panel de control del hosting, añadiendo un alias al dominio existente para el portal 0.
Si todo es correcto, ya debe funcionar el nuevo portal, ahora bien, si el portal 0 (el default, no el que estamos creando nuevo) se creó bajo un directorio virtual y su ruta de acceso es del tipo www.dominio.com/dnn, entonces el alias del nuevo portal padre debería ser www.nuevodominio.com/dnn y creo que esto es lo que te está ocurriendo.
Cuales son los fallos de presentación que comentas?