Hola Javier, gracias por tu sugerencia, con esa pista pude descubrir que pasaba y lo solucione. Los datos en la tabla estaban bien en Modules tenia True en la Columna AllTabs, el problema estaba en la columna Isdeleted de la tabla TabModules que estaba en true.
Cuando se desactiva el tilde de incluir el modulo en todas las paginas realiza este seteo, pero el registro queda en la tabla. Al parecer, cuando se vuelve a activar este tilde, no actualiza este bit en esa tabla. Hay dos caminos a seguir, o meter mano con un update a la tabla o bien, vaciar la papelera del sitio (aparentemente este elimina de todos lados lo que tenga Isdeleted=1) y luego destildar (guardar) y volver a tildar esta propiedad del modulo (lo que genera nuevamente los registros en esta tabla TabModules). Con eso quedo resuelto el problema.
Me queda testear si con la actualizacion a 5.1.1 se resuelve, cuando lo pruebe lo informo.
Muchas gracias por su colaboración. Saludos.