Bueno aqui encontre la solucion, ahi va:

1. Inserta el siguiente codigo dentro de la tabla que vaya a contener el flash, recuerda que el .swf debe de estar en la carpeta del skin donde vayas a colocar este flash. Donde dice "tuflash" debes de cambiarlo por el nombre del flash que has diseñado, recuerda tambien cambiar el width y el height a los tamaños de tu pelicula. Este flash aparacera para todas las paginas, al menos que cada pagina tenga un skin diferente.

 <object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="520" height="85" hspace="0" vspace="0" align="top">
                    <param name="movie" value="<%= SkinPath %>tuflash.swf">
                    <param name="quality" value="high">
                    <param name="wmode" value="transparent">
                    <embed src="<%= SkinPath %>tuflash.swf" width="520" height="85" hspace="0" vspace="0" align="top" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash"></embed>
                  </object>

saludos