Bueno... ya encontré el fallo.
El script estandard del Template Carousel - Repeater está mal.
donde pone
<script src="/DesktopModules/XMod/scripts/jquery.js" type="text/javascript">....
hay que poner
<script src="/MIWEB/DesktopModules/XMod/scripts/jquery.js" type="text/javascript">....
Siendo MIWEB el mombre de la WEB del DNN.
Ahora ya me funciona.
Gracias por las molestias.