Como dice Jose, no tienen que haber diferencia alguna. Personalmente uso el IIs 7 del Ultimate x64 con SQL x64 y en el servidor Server 2003 x64 con SQL x64. El Framework es el mismo tanto para x64 como para x86.
Si usas el SQL Express, como es mi caso, debes ir al final de la página donde encontrarás un link para bajar las versiones 64 bits. De todas formas, la descarga por defecto (x86) funciona perfectamente.