Como bien dices la interfaz de catalook en cuanto a la administración deja mucho que desear en cuanto a su presentación y organización, por contra obtienes una muy potente, muy completa y muy versátil aplicación de comercio electrónico a muy bajo precio.
Mi opinión es que si necesitas implementar una tienda compleja con productos configurables, varias pasarelas de pago, sistema de categorías avanzado, gestión de gastos de envío, distintas zonas de impuestos, multi-idioma integrado, etc etc... Catalook es la opción más segura y económica. Por contra, si tu tienda será una tienda sencillita con un simple catálogo de productos y cobros por Paypal incluso el módulo Store del Core te servirá.