Hola,
Si entiendo bien tu pregunta, nosotros hacemos eso usando el módulo digFlash (gratuito, limitado a una instancia por página) y lo montamos con un container "invisible", es decir un container sin diseño, que no se vea.
El iframe descártalo de antemano, porque está más obsoleto que el DOS y si metes el flash en un módulo HTML tendrás problemas para que se vea como es debido. Desactivar la opción "Mostrar container" tiene como pega que te quita cualquier posibilidad de dar formato (en la alineación, por ejemplo) al módulo, asi que tampoco es buena opción.
Salu2,
Francisco