No me queda nada claro tu problema, tienes un dotnetnuke corriendo y quieres añadir un módulo que te fabricaron?

te han pasado un dnn en archivos y tienes que ponerlo en marcha???

Creo entender entonces que tienes un DNN en marcha y quieres instalar unos módulos. El comprimir cada módulo en zip para instalar desde "Extensiones" no te funcionará si a cada zip no le añades un archivo xml con el manifiesto de instalación, normálmente se llama NombreModulo.dnn y puede ser generado desde el DNN sobre el que hayas desarrollado esos módulos. Te enlazo un archivo de ejemplo para que te hagas una idea. También necesitarás incorporar las instrucciones SQL para generar tablas, procedimientos, etc... en la base de datos.

Deberías documentarte sobre cómo distribuir módulos DNN, hay bastante información sobre ello en Internet, aunque la mayoría es en inglés.

Hay un modo manual de crear las definiciones de módulos sin necesidad de instalar vía extensiones, se trata de ir colocando cada módulo en su carpeta dentro de la carpeta DesktopModules, luego desde el menú Host > Definiciones de Módulos puedes crear nueva definición de módulo manualmente, pero esto es una tarea complicada si no tienes idea de cómo están desarrollados los módulos, ya que tienes que indicar el nombre de cada control, su archivo ascx asociado y darle nombres de navegación que serán utilizados desde el código fuente para llamar a estos controles.

Lo normal es que el desarrollador te facilite un instalador, de lo contrario tienes una árdua tarea por delante.