Mira en la tabla del SQL Server PortalLocalization, ahí se guardan las preferencias del portal para cada idioma, uno de los campos es Logo, toquetea ahí y ponle el mismo que tienes en los otros idiomas...
Seguramente habrá una forma de hacerlo con el Interface, posiblemente cambias de idioma en la web pinchando en la bandera y vas a la configuración del portal y le pones el logo... te lo debe guardar para cada idioma de forma separada...
Saludos