Debería quedarte algo así
...
<connectionStrings>
<add name="SiteSqlServer" connectionString="Server=elquesea;Database=laquesea;uid=loquesea;pwd=loquesea;" providerName="System.Data.SqlClient" />
</connectionStrings>
<appSettings>
<add key="SiteSqlServer" value="Server=elquesea;Database=laquesea;uid=loquesea;pwd=loquesea;"/>
<add key="InstallTemplate" value="DotNetNuke.install.config" />
... etc...
a ver si hay suerte...
ah.. otra cosa que te interesará conocer e que todo lo que pones entre los símbolos <!-- y --> son comentarios, es decir que no se tendrán en cuenta... por lo tanto revisa donde estás cambiando la cadena de conexión, lo mejor es que quites todo eso y lo dejes como te digo más arriba...