bastaría con que quitases el tag correspondiente en el diseño del skin, concretamente eliminar la línea de la c abecera: <%@ Register TagPrefix="dnn" TagName="LANGUAGE" src="~/Admin/Skins/Language.ascx" %>
y en el cuerpo del skin eliminar el tag: <dnn:LANGUAGE runat="server" id="dnnLANGUAGE" />
 

Hola,

Otra opción es acceder a Extensiones del menú Admin y editando el idioma que se vaya a utilizar, desactivarlo. Si finalmente sólo queda un sólo idioma no aprecerán las banderas.

Saludos,
Toni.