Sí que está testeado en Dnn 5.0, el problema puede venir porque la versión de Ajax no sea la misma que la de nuestro ensamblado, y con .net es difícil, a veces imposible, encontrar la forma de usar dos versiones diferentes de una misma librería. La razón por la que se escogió la 1.0.20229.0 es porque en versiones anteriores, como en la 1.0.10301.0 o en la 1.0.10606.0, la función que accede al servicio de la página asmx, que se encarga de enviar los datos para Autocompletar, no tenia las variables que necesitábamos, y en versiones posteriores como la 3.0.20820.0 se pegada con otras librerías necesarias del NET 2.0 que usa Dotnetnuke, me parece recordar.