En mi caso al cargar el dominio primero carga index.htm, la página que has visto, y un segundo después inicia la carga de DNN. Esto lo utilizo ya que en algunos casos si nadie está visitando ningún dominio en el servidor el .NET no está cargado en memoria. Al cargar una web en el navegador primero debe cargarse el NET en memoria y la página se demora demasiado en cargarse. Como me acaba de ocurrir con esta web. Si el .NET ya está en memoria la página index.htm aparece uno o dos segundos.
Al usar este sistema el usuario comprueba que al indicar el dominio se carga casi inmediato y al cargarse el NET en memoria aparece la web completa.
Volviendo a tu caso, visualizo el menú perfectamente en varios PCs, Vista y Windows, IE y Firefox. Los usuarios que no lo visualizan deben tener o no tener algo en el sistema. Difícil de saber.