Hola Mirepo,
Hasta donde yo sé no puedes personalizar los módulos estándar de inicio de sesión y registro. El motivo es que son parte del core de DNN, no son módulos separados, lo que impide que puedas integrarlos en una página de tu portal asignándoles skin y container. Toman los predeterminados para el portal y ya está. La única forma de personalizarlos es modificar directamente los correspondientes ficheros ascx, pero tiene el inconveniente de que se comparten en toda la instancia DNN, así que no podrás, o te costará mucho trabajo, tener diseños gráficos diferentes por portales, por ejemplo.
Para el inicio de sesión puedes usar un módulo "User login", que sí es "skineable" y que puedes situar en cualquier página, pero no será el que salga al invocar automáticamente al inicio de sesión. Es una de las carencias que he detectado en DNN y, sinceramente, no acabo de encontrar una buena solución. Al final, acabo adaptando el portal y los requerimientos del cliente a lo que me da la herramienta, y más o menos vamos tirando :-O
Salu2,
Francisco