Tendrás que crear tus propios módulos, hay muy buenos ejemplos en http://www.adefwebserver.com/DotNetNukeHELP/ 

practicamente podrás usar tu código pero tendrás que adaptarlo para que funcione según la arquitectura del DNN, también tus aspx pero éstas tendrás que convertirlas en ascx (controles de usuario).

Siento no poder ayudarte más, pero transformar una web completa basada en páginas aspx para que funcionen bajo DNN requiere un duro trabajo (bueno, dependiendo de la funcionalidad implementada en tus páginas será más o menos laborioso).