La única solución que he encontrado ha sido crear una instancia nueva e ir pasando casi toda la información. Digo casi porque hay datos relacionados con usuarios que no he podido traspasar. La complicación reside en que gestiona los usuarios y roles con un módulo de DNNMasters, además de no coincidir los ID.

Mediante un script en SQL se ha podido identificar el ID en la BD antigua y nueva para poder asignar casi todos los datos.

Conclusión: Sigo sin saber qué ocurrió!

Saludos y gracias.