Tienes bien dados los permisos a los direcotiors supongo ¿no? aspnet o el usuario de red qeu le corresponda segun el iis
y en el iis tienes bien configurado todo ¿no? permisos de ejecucion - solo secuencas de comandos, proteccion de la aplicacion - yo pongo siempre baja proceso de iis, tienes seleccionada la version de asp.net que utilizas, acceso anonimo a todas la aplicacion web...
¿que s.o. utilizas y que version de iis?